Nguyễn Hàm Ninh đã để lại:

• Tác phẩm bằng chữ Hán có:

-Tĩnh Trai thi tập (hay Nhâm Sơn thi tập)

-Tĩnh Trai thi sao (Bản sao thơ Tĩnh Trai)

-Dược sư ngẫu đề (Đề vịnh ngẫu hứng khi đi làm thuốc)

• Tác phẩm bằng chữ Nôm có:

-Phản thúc ước: Đây là bài văn tứ lục nhằm chống lại bài văn thúc ước (là các bài văn tế được đọc trong lễ tế thần hằng năm ở làng. Nội dung của chúng thường khuyên dân làng sống an phận, nhẫn nhục), tức qua bài văn này, ông công kích mạnh mẽ giới cường hào và vạch trần những tệ nạn của xã hội.

Ngoài ra, ông còn có một số bài thơ, bài ca trù viết bằng chữ Nôm.